Koszty pośrednie to ogólne koszty funkcjonowania jednostki, które nie mogą być zidentyfikowane jako bezpośrednio przypisane to projektu. Są to np.:
- koszty administracji
- wynajęcie lub amortyzacja budynków, w tym koszty wody, elektryczności, ogrzewanie, itd.
- usługi telekomunikacyjne i pocztowe
- wyposażenie biurowe
W Programie H2020 dla wszystkich typów projektów obowiązuje jednolity ryczałt na koszty pośrednie w wys. 25% kosztów bezpośrednich z wyłączeniem kosztów podwykonawstwa (subcontracting).
Podział kosztów pośrednich na UW: UCHWAŁA NR 18 SENATU UNIWERSYTETU WARSZAWSKIEGO z dnia 23 listopada 2016 r.w sprawie wysokości i zasad podziału kosztów pośrednich